photo-identification d'un Hydromante de Strinati © Julien Renet - CEN PACA

Les algorithmes au service de l'étude des populations d'amphibiens

Publié le 14 janvier 2019 - étude

Une étude méthodologique concernant le suivi des populations d'amphibiens à partir de la photo-identification vient de paraître dans la prestigieuse revue scientifique Herpetological Journal. Le conservatoire d'espaces naturels de Provence-Alpes-Côte d'Azur, en collaboration avec la Tour du Valat, et soutenu par la DREAL PACA, a testé la fiabilité du logiciel Wild-ID chez l'Hydromante de Strinati, un amphibien dont l'aire de répartition mondiale est restreinte à l'extrême sud-est de la France (Alpes-de-Haute-Provence et Alpes-Maritimes) et à la région Ligure (Italie).

L'enjeu de la photo-identification est de reconnaître des individus non pas grâce à une bague ou un transpondeur (ou PIT Tag) implanté sous la peau mais grâce aux photographies de formes et motifs corporels. Cela peut être la forme de la queue d'une baleine ou les rayures d'un zèbre. Plusieurs logiciels existent pour accompagner le travail d'identification et sont d'ordinaire efficaces pour des espèces ayant des motifs bien distincts (un requin baleine, une salamandre tachetée, une girafe, etc.)
Les travaux du Conservatoire et de la Tour du Valat mettent en évidence que l'algorithme développé pour Wild-ID est tout aussi performant chez des espèces présentant des motifs corporels « diffus » comme l'Hydromante de Strinati. Il peut donc être utilisé pour le suivi de nombreuses autres espèces caractérisées par des patterns de coloration complexes. Son haut niveau de fiabilité de reconnaissance individuelle permet alors de minimiser les erreurs si l'on souhaite obtenir une estimation correcte de certains paramètres démographiques (notamment l'effectif) des populations suivies.

Wild-ID est un outil simple d'utilisation et gratuit qui pourrait être largement utilisé par les structures missionnées (principalement les bureaux d'études) pour évaluer l'impact des projets d'aménagement sur les populations d'Hydromante de strinatii et l'intérêt patrimonial qu'elles représentent. Aujourd'hui, les méthodes employées pour y parvenir sont inadaptées, ce qui a pour effet de sous-estimer fortement le nombre d'individus présents et de minimiser les enjeux.

Lire l'étude publiée dans Herpetological Journal

Renet J., Leprêtre L., Champagnon J. & Lambret P. 2019- Monitoring amphibian species with complex chromatophore patterns: a non-invasive approach with an evaluation of software effectiveness and reliability. Herpetological Journal, 29: 13-22.